实际操作时需要注意的是，虽然共价偶联的方法优于物理吸附，aminosilane原理，但基于氨基和羧基的抗体固定方法仍具有一定程度的随机性，广东aminosilane，有时在Fab区（用于结合抗原）存在易于修饰的氨基/羧基，aminosilane产品，在与固体表面偶联后会造成抗体的失活。在抗体领域，抗体与的偶联同样存在上面所说的问题（由于抗体表面可能存在很多可修饰的氨基酸，不能确定连在哪个部位
该方法的主要优点是可以用很少的步骤合成极其大量的探针阵列。例如，合成 48 （ 65536 ） 个探针的 8 聚体寡核苷酸序列仅需 4 × 8=32 步操作， 8 小时就可以完成。而如果用传统方法合成然后点样，那么工作量的巨大将是不可思议的。同时，用该方法合成的探针阵列密度可高达到 106/cm2 。不过，尽管该方法看来比较简单，实际上并非如此。
因此，一般的建议步骤是活化羧基使用pH=5-6的MES缓冲液，之后使用PBS缓冲液调节pH=7.2-7.5完成后的偶联反应。
与EDC/NHS类似的是，也可以使用将两个含有氨基的分子连接到一起。比如，先在纳米粒子外包一层二氧化硅，通过APTES等试剂引入氨基，之后通过将氨基修饰的纳米晶和蛋白质的氨基偶联到一起。
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