PDMS材料在性能上也有- -些缺陷:表面疏水，缓冲液很难注入，表面吸附作用强，疏水处理方法，需进行表面改性和修饰才能进行应用;导热性差，导热系数比玻璃低8-10倍，不利于焦耳热的散失，限制了单位长度上的场强;PDMS材料的弹塑性定了它的微结构不像其他刚性材料的结构那样的稳定。由于PDMS材料具有高度疏水性，对生物分子特别是大分子蛋白具有强烈的非特异性吸附。在样品分离时，由于吸附作用容易产生严重的拖尾、蛋白质分离失败、失活的现象，疏水处理，严重限制了PDMS在微流控芯片领域的应用。
等离子清洗设备的原理是在真空状态下，压力越来越小，分子间间距越来越大，分子间力越来越小，利用射频电源产生的高压交变电场将氧、、氢等工艺气体震荡成具有高反应活性或高能量的离子，然后与有机污染物及微颗粒污染物反应或碰撞形成挥发性物质，然后由工作气体流及真空泵将这些挥发性物质清除出去，从而达到表面清洁活化的目的。是清洗方法中为的剥离式清洗，其大优势在于清洗后无废液，大特点是对金属、半导体、氧化物和大多数高分子材料等都能很好地处理，可实现整体和局部以及复杂结构的清洗
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