亲疏水处理的微观机理当硅片经清洗液处理后表面不沾水分子时称为疏水处理，反之表面吸附水膜时为亲水处理。纯净的硅片表面是疏水性的。从能量观点看，疏水性表面属低能表面，这时硅片表面张力小于水分子表面张力。亲水性表面则属高能表这时的硅表面张力大于水分子表面张力即硅片表面必须由低能转化为高能表面。从(2)式可以看出:完成上述转化的条件为或者使上升，或者下降。由于清洗液大多为无机碱、酸的水溶液，知这时几乎不变。因此，的方法是改变，使之增加。
利用氧等离子体表面处理，使PDMS与带有钝化层的硅片在室温常压下可以成功键合。在利用氧等离子体改性处理实现PDMS与其它基片键合的技术中，-般认为，玻璃表面亲水处理，在进行氧等离子体表面改性后，应立即将PDMS基片与盖片贴合，否则PDMS表面将很快恢复疏水性，从而导致键合失效，因此可操作工艺时间较短，一般为1 ~ 10min。而通常在需键合的PDMS基片和硅基片上都会带有相应的微细结构，键合前需用一定的时间进行结构图形的对准，因此，如何使PDMS活性表面的持续时间得以延长，成为保证键合质量的关键。
PDMS材料在性能上也有- -些缺陷:表面疏水，缓冲液很难注入，玻璃亲水处理，表面吸附作用强，需进行表面改性和修饰才能进行应用;导热性差，安徽亲水处理，导热系数比玻璃低8-10倍，不利于焦耳热的散失，限制了单位长度上的场强;PDMS材料的弹塑性定了它的微结构不像其他刚性材料的结构那样的稳定。由于PDMS材料具有高度疏水性，对生物分子特别是大分子蛋白具有强烈的非特异性吸附。在样品分离时，由于吸附作用容易产生严重的拖尾、蛋白质分离失败、失活的现象，严重限制了PDMS在微流控芯片领域的应用。
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