PDMS材料在性能上也有- -些缺陷:表面疏水，缓冲液很难注入，表面吸附作用强，需进行表面改性和修饰才能进行应用;导热性差，导热系数比玻璃低8-10倍，不利于焦耳热的散失，限制了单位长度上的场强;PDMS材料的弹塑性定了它的微结构不像其他刚性材料的结构那样的稳定。由于PDMS材料具有高度疏水性，对生物分子特别是大分子蛋白具有强烈的非特异性吸附。在样品分离时，由于吸附作用容易产生严重的拖尾、蛋白质分离失败、失活的现象，严重限制了PDMS在微流控芯片领域的应用。
目前，疏水处理玻璃，关于PDMS. 与硅基材料低温键合的方法多种多样。在制作硅- PDMS多层结构微阀的过程中，将PDMS直接旋涂、固化在硅片上，实现硅- PDMS薄膜直接键合，这种方法属于可逆键合，键合强度不高。在制作生物芯片时，利用氧等离子体分别处理PDMS和带有氧化层掩膜的硅基片，将其键合在一起。此方法实际上是PDMS与SiO2掩膜层的键合，但在硅表面由热氧化法制得的SiO2膜层与PDMS的键合效果并不理想。
一般带有极性基团的分子对水有较大的亲和能力，可以吸引水或者易溶解于水，橡胶制品中用量橡胶填料—轻钙就是含有极性基团的亲水性填料，轻钙与橡胶在混炼时都会产生负电荷，北京疏水处理，同性相斥，导致轻钙难以快速分散在橡胶中，氧化镁、氧化锌、硫酸钙等盐类填料都含有极性基团；陶土、云母粉、滑石粉、高岭土等无机填料虽然含有极性基团，不易被橡胶浸润，玻片疏水处理，但是这些填料本身粒径较大、结构度较低，玻璃疏水处理，因此可以以较快的速度分散在橡胶中。白炭黑是浅色橡胶制品生产中常用的补强型填料，粒径小、结构度高、密度小、易产生静电，难以混入橡胶中。
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