cDNA基因百度文库由PCR物质构成，为发夹结构构造，长短一般在百余至千余碱基对，羧基处理产品，因此芯片的混种杂交标准对每一个基因无法保证是好的，羧基处理，假阳性率比较高，因而，羧基处理原理，判断cDNA微阵列的后的结果时，必须对挑选出的基因开展测序。在应用cDNA微阵列开展研究时，一般需要提供一个对比样版，把与必须研究的样本给与不同类型的标识，将二者灯亮混匀一同引入芯片开展孵育。扫描仪后所得到的原始记录是每个表格中中网络信号的比例。
原位合成法主要为光引导聚合技术，它不仅可用于寡聚核苷酸的合成，也可用于合成寡肽分子。光引导聚合技术是照相平板印刷技术（ photolithography ）与传统的核酸、多肽固相合成技术相结合的产物。半导体技术中曾使用照相平板技术法在半导体硅片上制作微型电子线路。固相合成技术是当前多肽、核酸人工合成中普遍使用的方法，技术成熟且已实现自动化。二者的结合为合成高密度核酸探针及短肽阵列提供了一条快捷的途径。
2）用点样法固定在玻璃板上的DNA探针阵列，通过与荧光标记的靶基因杂交进行检测。这种方法点阵密度可有较大的提高，各个探针在表面上的结合量也比较一致，但在标准化和批量化生产方面仍有不易克服的困难。3）在玻璃等硬质表面上直接合成的寡核苷酸探针阵列，与荧光标记的靶基因杂交进行检测。该方法把微电子光刻技术与DNA化学合成技术相结合，可以使基因芯片的探针密度大大提高，羧基处理原因，减少试剂的用量，实现标准化和批量化大规模生产，有着十分重要的发展潜力。
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