与其他芯片制作技术相比较，基因芯片检测，微珠芯片具有如下优势:
(1) 密度高微珠芯片的点样密度是原位光合成法的16倍，喷点法的100倍，江苏基因芯片，接触式点样的400倍。
(2)测试重复性好鉴 于超高密度的特点，微珠芯片中每个样品都能保证约30个重复，从而保证测试的高重复性、高重复串以及高可靠性。
(3)定制方便若需要在已完成的芯片中增加测试点或新基因，只要合成相应的微珠加入到微珠混合池中即可。
(四)基因芯片数据分析
基因芯片分析包括五个基本步骤:生物学问题、样品制备、生物化学反应、检测、数据模型分析。基因芯片数据分析包括两部分，数据可靠性分析和生物学意义分析。
基因芯片又称为DNA微阵列(DNA microarray)，基因芯片公司，可分为三种主要类型：1）固定在聚合物基片（尼龙膜，纤维膜等）表面上的核酸探针或cDNA片段，基因芯片问题，通常用同位素标记的靶基因与其杂交，通过显影技术进行检测。这种方法的优点是所需检测设备与目前分子生物学所用的显影技术相一致，相对比较成熟。但芯片上探针密度不高，样品和试剂的需求量大，定量检测存在较多问题。
俄罗斯科学院恩格尔哈得分子生物学研究所和美国阿贡国家实验室（ANL）的科学家们早在文献中提出了用杂交法测定核酸序列(SBH）新技术的想法。当时用的是多聚寡核酸探针。几乎与此同时英国牛津大学生化系的Sourthern等也取得了在载体固定寡核苷酸及杂交法测序的国际。在这些技术储备的基础上，1994年在美国能源部防御研究计划署，俄罗斯科学院和俄罗斯人类基因组计划1000多万美元的资助下研制出了一种生物芯片，并用于检测尽地中海血样的基因突变，筛选了一百多个外已知的突变基因。
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