与其他芯片制作技术相比较，微珠芯片具有如下优势:
(1) 密度高微珠芯片的点样密度是原位光合成法的16倍，喷点法的100倍，接触式点样的400倍。
(2)测试重复性好鉴 于超高密度的特点，微珠芯片中每个样品都能保证约30个重复，天津表面氨基修饰，从而保证测试的高重复性、高重复串以及高可靠性。
(3)定制方便若需要在已完成的芯片中增加测试点或新基因，只要合成相应的微珠加入到微珠混合池中即可。
(四)基因芯片数据分析
基因芯片分析包括五个基本步骤:生物学问题、样品制备、生物化学反应、检测、数据模型分析。基因芯片数据分析包括两部分，数据可靠性分析和生物学意义分析。
将芯片与待研究的cDNA或其他样品杂交，经过计算机扫描和数据处理，便可以观察到成千上万个基因在不同组织或同-组织不同发育时期或不同生理条件下的表达调控情况。荧光标记的cDNA与芯片上相匹配的DNA序列发生杂交反应，是的芯片上的点呈现出荧光信号，荧光信号的强度和基因表达的多度呈正相关。基因芯片这种微型化装置具有巨大的容量，硅表面氨基修饰，是科学家在单次试验中就可以分析整个基因组的变化。
因此发展早期，表面氨基修饰的方法，微阵列芯片有时被通俗的称为“生物芯片（Biochip）”，目前
媒体和科普读物中仍然常用该名称。微阵列芯片经过近十年的主要发展期，表面氨基修饰公司，国内外学术界渐渐采用名hdjjt称Microarray（微阵列芯片），而Biochip（生物芯片）由于这名称容易混淆微阵列芯片和微流控芯片，渐渐该领域用的越来越少了。
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