为了保证基因芯片数据的可靠性，芯片中还需加.上多个持家基因(housekeeping genes)作为内对照。持家基因，如呼吸作用的酶类和细胞骨架蛋白基因等，是维持细胞正常生长发育的必须基因，表面氨基修饰，其表达水平在细胞内基本不变。处理数据时，表面氨基修饰的方法，认为持家基因的反应信号在两种组织中不变，依此确定其他基因表达信号的相对值。
3.微珠芯片技术
微珠芯片技术(beadarray) 技术是一一种新的基因芯片技术，有可能成为今后基因芯片技术发展的方向。目前，微珠芯片技术在生命科学领域的用途主要集中在SNP及基因型分析、基因表达谱分析和蛋白组学研究三大领域。微珠芯片技术是在光导纤维技术基础上发展起.来的技术。在直径为3. 5mm的光纤束中，包含约50000跟光纤。
微阵列（Microarray）芯片以高密度阵列为特征。其基础研究始于20世纪80年代末，硅片表面氨基修饰，本质上是一种生物技术，主要是在生物遗传学领域发展起来的。
微阵列分为cDNA微阵列和寡聚核苷酸微阵列.微阵列上"印"有大量已知部分序列的DNA探针，微阵列技术就是利用分子杂交原理，表面氨基修饰的处理方法，使同时被比较的标本(用同位素或荧光素标记)与微阵列杂交，通过检测杂交信号强度及数据处理，把他们转化成不同标本中特异基因的丰度，从而比较不同标本的基因表达水平的差异.微阵列技术是一种探索基因组功能的有力手段.
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