因此，微阵列芯片厂家，生物学家和生物信息学家合作创立了将差异表达基因定位于不同的生物化学代谢途径的分析方法( pathway identification)。 统计每条生物化学代谢途径中固有的基因数量和被基因芯片定位的差异表达的基因数量，可以计算出特定或特定发育阶段表达有显著差异的代谢途径。由于代谢途径通常负责执行生物体的重要功能，并且相对于原始数据，福建微阵列芯片，代谢途径的数量相对较少，可操作性强，已经成为目前学术界分析芯片技术数据的重要手段。
微阵列芯片的优势在于可同时扫描大量感兴趣的基因，但其研究的瓶颈也在于此。一次实验会产生大量的数据，微阵列芯片制作， 如何分析这些数据并得出在生物学上有意义的结论 ， 是微阵列芯片技术进一步发展完善的重要课题。在这方面需要借助于计算机技术和多种统计学方法 。在现在应用的多种数学模型之间还没有进行过大规模的对照研究 ，微阵列芯片检查， 因而对于它们的效能尚不能给予充分 、 的评估。
物理吸附作用是简单粗糙的，下面用一个例子定性地感受一下。有研究者在2005年使用原子力显微镜和中子反射研究了一种抗体（小鼠抗人绒毛膜单抗体）在亲水性二氧化硅和水界面处的取向排列方式，结果显示：抗体主要以“平躺”的方式排列在界面处，即抗体的Fc和Fab端均与二氧化硅表面接触。在一些地方会形成2-15个抗体分子大小的不均匀团簇，不添加水的对比实验显示抗体在二氧化硅表面会形成更大的团簇。结果表明抗体与亲水表面的作用力很弱，相邻蛋白质之间的疏水引力是导致团簇形成的原因。
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