以合成寡核苷酸探针为例，该技术主要步骤为：首先使支持物羟基化，并用光敏保护基团将其保护起来。每次选取择适当的蔽光膜（ mask ）使需要聚合的部位透光，其它部们不透光。这样，光通过蔽光膜照射到支持物上，受光部位的羟基解保护。因为合成所用的单体分子一端按传统固相合成方法活化，海南羧基处理，另一端受光敏保护基的保护，羧基处理产品，所以发生偶联的部位反应后仍旧带有光敏保护基团。因此，每次通过控制蔽光膜的图案（透光与不透光）决定哪些区域应被活化，以及所用单体的种类和反应次序就可以实现在待定位点合成大量预定序列寡聚体的目的。
现阶段，因为敏感度限制，大部分方式必须在标识与分析时对样品开展适度的程序增加，但是也有很多人尝试绕开这一难题，如MosaicTechnologies企业引入的固相PCR方式，引物设计非特异强，无而且免去了液相处理繁琐；LynxTherapeutics企业引入大规模的并行处理固相法(Massivelyparallelsolid-phasecloning)，可在一个样品中并且对不计其数的DNA精彩片段开展，且不用独立和处理分离出来每一个。
微阵列芯片的优势在于可同时扫描大量感兴趣的基因，但其研究的瓶颈也在于此。一次实验会产生大量的数据，羧基处理的用途， 如何分析这些数据并得出在生物学上有意义的结论 ， 是微阵列芯片技术进一步发展完善的重要课题。在这方面需要借助于计算机技术和多种统计学方法 。在现在应用的多种数学模型之间还没有进行过大规模的对照研究 ， 因而对于它们的效能尚不能给予充分 、 的评估。
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