按照芯片上的探针对微阵列芯片进行分类，有核酸芯片、蛋白质芯片和组织芯片等，目前应用泛的是核酸芯片，核酸芯片又有两种类型，分别是cDNA微阵列和寡核苷酸微阵列。
cDNA基因文库由PCR产物组成，为双链结构，长度一般在数百至数千碱基对，因而芯片的杂交条件对每个基因不能保证是的，假阳性率较高，因此，判定cDNA微阵列的终结果时，有必要对筛选出的基因进行测序。在应用cDNA微阵列进行研究时，表面氨基修饰的微塑料，一般需要提供一个对照样本，将其与需要研究的标本给予不同的标记，将二者灯亮混合后共同注入芯片进行孵育。扫描后得到的原始数据是各个单元格中信号强度的比率。
2.生物学意义分析
主要指通过分析芯片杂交数据，研究差异表达基因的生物学意义。通常，在芯片中某一或发育时期可能有成千上万个差异表达基因。例如，硅片表面氨基修饰，基因芯片分析植物根部可能有400多个特意表达的基因，江苏表面氨基修饰，如果要将这些基因的来龙去脉都搞清楚，可能要追溯超过4000篇以上的文献(假设1个基因需要查阅10篇文献)。这种不捡重点的方法耗时耗力，所获得的结果也往往没有意义。
它是在基因探针的基础上研制出的，所谓基因探针只是一段人工合成的碱基序列，在探针上连接一些基因芯片
可检测的物质，根据碱基互补的原理，利用基因探针到基因混合物中识别特定基因。它将大量探针分子固定于支持物上，然后与标记的样品进行杂交，ITO玻璃表面氨基修饰，通过检测杂交信号的强度及分布来进行分析。基因芯片通过应用平面微细加工技术和超分子自组装技术，把大量分子检测单元集成在一个微小的固体基片表面，可同时对大量的核酸和蛋白质等生物分子实现、快速、低成本的检测和分析。
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