共价偶联比物理吸附更先进一些，主要表现在它克服了物理吸附的两个缺点：共价偶联在固体表面的抗体（1）排列取向一定程度上是确定的；（2）不容易脱离到溶液中。赖氨酸、谷氨酸和天冬氨酸等氨基酸经常被作为蛋白质修饰的靶点，其中赖氨酸尤甚（Chem. Sci.，香港基因芯片， 2017，8， 63-77，Chem. Sci.， 2018， 9， 79–87），其它氨基酸由于位于蛋白质内部或反应性弱或不可控等原因而很少用于偶联。
；或者没有可修饰的氨基酸）研究者会通过基因工程的技术对抗体进行改造，基因芯片应用，实现抗体和的偶联。例如（methods mol biol， 2013， 1045: 189-203）引入改造的半胱氨酸用于偶联，基因芯片价格，（mol pharm，基因芯片公司， 2015， 12: 1848-1862）插入非天然的氨基酸作为偶联位点。这种想法在检测领域也可以借鉴，提供一种新的视野，虽然经济性是个问题。
1. 数据可靠分析
因为用基因芯片进行杂交分析，每次实验结果都会有些变化，因为包括靶DNA浓度、探针浓度、杂交双方的序列组成、盐浓度以及温度等许多因素影响了杂合双链的形成和稳定性。因此，需要进行重复试验以确保数据的准确。主要的方法是通过两次平行杂交反应，将每个基因在两个反应中的表达水平做成对应散点图，只要绝大多数基因的杂交结果都在45度斜线附近，就说明实验结果是可的。
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