因此，生物学家和生物信息学家合作创立了将差异表达基因定位于不同的生物化学代谢途径的分析方法( pathway identification)。 统计每条生物化学代谢途径中固有的基因数量和被基因芯片定位的差异表达的基因数量，可以计算出特定或特定发育阶段表达有显著差异的代谢途径。由于代谢途径通常负责执行生物体的重要功能，表面氨基化原理，并且相对于原始数据，玻璃表面氨基化原理，代谢途径的数量相对较少，可操作性强，已经成为目前学术界分析芯片技术数据的重要手段。
二、黏附剂的使用
1.多聚左旋赖氨酸(poly-1-lysine)
首先配制0.1%(ω/υ)多聚左旋赖氨酸浓缩液，室温下(18~26℃)可保存1年。使用时，将试剂10倍稀释成工作液，表面氨基化的意义，浓度为0.01%(ω/υ)，2-8℃冰箱保存，有效期3个月。使用方法是将充分洗净和预先干燥的玻片浸泡于稀释后的多聚左旋赖氨酸溶液数十秒或提拉十次，海南表面氨基化，沥干.于室温下晾干12-24小时或在45℃以下烤箱内烘干。处理后的玻片避光干燥可保存三个月。
目前，由于灵敏度所限，多数方法需要在标记和分析前对样品进行适当程序的扩增，不过也有不少人试图绕过这一问题，如 Mosaic Technologies 公司引入的固相 PCR 方法，引物特异性强，无交叉污染并且省去了液相处理的烦琐； Lynx Therapeutics 公司引入的大规模并行固相法 (Massively parallel solid-phase cloning) ，可在一个样品中同时对数以万计的 DNA 片段进行，且无需单独处理和分离每个。
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