实际操作时需要注意的是，虽然共价偶联的方法优于物理吸附，但基于氨基和羧基的抗体固定方法仍具有一定程度的随机性，有时在Fab区（用于结合抗原）存在易于修饰的氨基/羧基，蛋白固定处理，在与固体表面偶联后会造成抗体的失活。在抗体领域，抗体与的偶联同样存在上面所说的问题（由于抗体表面可能存在很多可修饰的氨基酸，不能确定连在哪个部位
因此，生物学家和生物信息学家合作创立了将差异表达基因定位于不同的生物化学代谢途径的分析方法( pathway identification)。 统计每条生物化学代谢途径中固有的基因数量和被基因芯片定位的差异表达的基因数量，江西蛋白固定，可以计算出特定或特定发育阶段表达有显著差异的代谢途径。由于代谢途径通常负责执行生物体的重要功能，并且相对于原始数据，代谢途径的数量相对较少，可操作性强，蛋白固定的方法，已经成为目前学术界分析芯片技术数据的重要手段。
基因芯片（又称 DNA 芯片、生物芯片）技术就是顺应这一科学发展要求的产物，它的出现为解决此类问题提供了光辉的前景。该技术系指将大量（通常每平方厘米点阵密度高于 400 ）探针分子固定于支持物上后与标记的样品分子进行杂交，通过检测每个探针分子的杂交信号强度进而获取样品分子的数量和序列信息。通俗地说，就是通过微加工技术 ，将数以万计、乃至百万计的特定序列的DNA片段（基因探针），有规律地排列固定于2cm2 的硅片、玻片 等支持物上，蛋白固定厂家，构成的一个二维DNA探针阵列，与计算机的电子芯片十分相似，所以被称为基因芯片。基因芯片主要用于基因检测工作 。
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