主要原因是，合成反应每步产率比较低，不到 95% 。而通常固相合成反应每步的产率在 99% 以上。因此，探针的长度受到了限制。而且由于每步去保护不很，致使杂交信号比较模糊，信噪比降低。为此有人将光引导合成技术与半异体工业所用的光敏抗蚀技术相结合，以酸作为去保护剂，使每步产率增加到 98% 。原因是光敏抗蚀剂的解离对照度的依赖是非线性的，当照度达到特定的阈值以上保护剂就会解离。所以，该方法同时也解决了由于蔽光膜透光孔间距离缩小而基因芯片引起的光衍射问题，防脱片制作，有效地提高了聚合点阵的密度。另据报导 ，利用波长更短的物质波如电子射线去除保护可使点阵密度达到 1010/cm2 。
为了保证基因芯片数据的可靠性，芯片中还需加.上多个持家基因(housekeeping genes)作为内对照。持家基因，防脱片成分，如呼吸作用的酶类和细胞骨架蛋白基因等，是维持细胞正常生长发育的必须基因，其表达水平在细胞内基本不变。处理数据时，认为持家基因的反应信号在两种组织中不变，依此确定其他基因表达信号的相对值。
微阵列芯片应用流程
1）制备靶点
从生物标本中提取核苷酸并进行标记；
（2）杂交
让靶点与芯片上的cDNA或寡核苷酸序列进行孵育；
（3）获取数据
扫描与探针杂交的靶点表现出来的信号强度
（4）数据分析
从大量数据中得出具有生物学意义的结论
微阵列芯片技术通过测定能够与探针杂交的mRNA的数量，反映表达此mRNA的基因的转录情况，芯片的构建首先要根据研究的需要选择基因及相应的探针，其次是从标本中提取mRNA，并制备出靶点，防脱片，然后将靶点加入芯片，进行孵育杂交、冲洗掉没有杂交的样品以及扫描等操作，得到原始数据，再将这些数据进行标准化和统计分析后得到结论，构造适当的微阵列芯片是开展后续研究的基础。
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