现阶段，因为敏感度限制，大部分方式必须在标识与分析时对样品开展适度的程序增加，但是也有很多人尝试绕开这一难题，如MosaicTechnologies企业引入的固相PCR方式，引物设计非特异强，无而且免去了液相处理繁琐；LynxTherapeutics企业引入大规模的并行处理固相法(Massivelyparallelsolid-phasecloning)，表面羟基化，可在一个样品中并且对不计其数的DNA精彩片段开展，且不用独立和处理分离出来每一个。
目前已有多种方法可以将寡核苷酸或短肽固定到固相支持物上。这些方法总体上有两种，羟基化表面处理，即原位合成（ in situ synthesis ）与合成点样两种。支持物有多种如玻璃片、硅片、聚膜、纤维素膜、尼龙膜等，但需经特殊处理。作原位合成的支持物在聚合反应前要先使其表面衍生出羟基或氨基（视所要固定基因芯片的分子为核酸或寡肽而定）并与保护基建立共价连接；作点样用的支持物为使其表面带上正电荷以吸附带负电荷的探针分子，材料表面羟基化，通常需包被以氨基硅烷或多聚赖氨酸等。
1.简易芯片
制作简易芯片时，使用机械臂把大量已知或未知序列的DNA片段点在--张很小的玻璃片(通常为2cmX2cm)或尼龙膜上，硅片表面羟基化，再经过物理吸附作用达到固定化(cDNA 芯片)。也可以直接在玻璃板表面进行化学合成，从而得到寡聚核苷酸芯片。将芯片与待研究的eDNA或其他样品杂交，经过计算机扫描和数据处理，便可以观察到大规模的基因群在不同组织、同一组织不同发育时期或不同生理条件下的表达基因调控情况。简易芯片一般的基因数量少(一般不超过2000)，主要用于研究小部分特定基因的表达状态。简易芯片一般可以用于手工制作或者机械手点样。
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