1.简易芯片
制作简易芯片时，使用机械臂把大量已知或未知序列的DNA片段点在--张很小的玻璃片(通常为2cmX2cm)或尼龙膜上，再经过物理吸附作用达到固定化(cDNA 芯片)。也可以直接在玻璃板表面进行化学合成，从而得到寡聚核苷酸芯片。将芯片与待研究的eDNA或其他样品杂交，经过计算机扫描和数据处理，便可以观察到大规模的基因群在不同组织、同一组织不同发育时期或不同生理条件下的表达基因调控情况。简易芯片一般的基因数量少(一般不超过2000)，为什么羧基处理，主要用于研究小部分特定基因的表达状态。简易芯片一般可以用于手工制作或者机械手点样。
主要原因是，合成反应每步产率比较低，江西羧基处理，不到 95% 。而通常固相合成反应每步的产率在 99% 以上。因此，探针的长度受到了限制。而且由于每步去保护不很，羧基处理原因，致使杂交信号比较模糊，信噪比降低。为此有人将光引导合成技术与半异体工业所用的光敏抗蚀技术相结合，以酸作为去保护剂，使每步产率增加到 98% 。原因是光敏抗蚀剂的解离对照度的依赖是非线性的，当照度达到特定的阈值以上保护剂就会解离。所以，羧基处理的用途，该方法同时也解决了由于蔽光膜透光孔间距离缩小而基因芯片引起的光衍射问题，有效地提高了聚合点阵的密度。另据报导 ，利用波长更短的物质波如电子射线去除保护可使点阵密度达到 1010/cm2 。
为了保证基因芯片数据的可靠性，芯片中还需加.上多个持家基因(housekeeping genes)作为内对照。持家基因，如呼吸作用的酶类和细胞骨架蛋白基因等，是维持细胞正常生长发育的必须基因，其表达水平在细胞内基本不变。处理数据时，认为持家基因的反应信号在两种组织中不变，依此确定其他基因表达信号的相对值。
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