实际操作时需要注意的是，虽然共价偶联的方法优于物理吸附，但基于氨基和羧基的抗体固定方法仍具有一定程度的随机性，有时在Fab区（用于结合抗原）存在易于修饰的氨基/羧基，在与固体表面偶联后会造成抗体的失活。在抗体领域，抗体与的偶联同样存在上面所说的问题（由于抗体表面可能存在很多可修饰的氨基酸，不能确定连在哪个部位
该方法的主要优点是可以用很少的步骤合成极其大量的探针阵列。例如，合成 48 （ 65536 ） 个探针的 8 聚体寡核苷酸序列仅需 4 × 8=32 步操作， 8 小时就可以完成。而如果用传统方法合成然后点样，那么工作量的巨大将是不可思议的。同时，用该方法合成的探针阵列密度可高达到 106/cm2 。不过，蛋白固定提取，尽管该方法看来比较简单，实际上并非如此。
1. 数据可靠分析
因为用基因芯片进行杂交分析，江西蛋白固定，每次实验结果都会有些变化，蛋白固定的方法，因为包括靶DNA浓度、探针浓度、杂交双方的序列组成、盐浓度以及温度等许多因素影响了杂合双链的形成和稳定性。因此，需要进行重复试验以确保数据的准确。主要的方法是通过两次平行杂交反应，将每个基因在两个反应中的表达水平做成对应散点图，只要绝大多数基因的杂交结果都在45度斜线附近，就说明实验结果是可的。
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