cDNA基因百度文库由PCR物质构成，为发夹结构构造，长短一般在百余至千余碱基对，因此芯片的混种杂交标准对每一个基因无法保证是好的，假阳性率比较高，因而，判断cDNA微阵列的后的结果时，必须对挑选出的基因开展测序。在应用cDNA微阵列开展研究时，一般需要提供一个对比样版，把与必须研究的样本给与不同类型的标识，表面羟基化原理，将二者灯亮混匀一同引入芯片开展孵育。扫描仪后所得到的原始记录是每个表格中中网络信号的比例。
生物芯片微阵列的制作技巧依照做法可以分为两人们，即原位合成和预合成后点样。预合成后点样就是指制取处理芯片微阵列前，要固定探针早已合成好，羟基化表面处理，点滴系统软件必须要做的就是将这些合成好一点的试品涂印或涂装在基体.上。原位合成方式则由点滴将自动探针的构成部分逐渐转移至基体上，与此同时完成探针合成和转移目地。
主要原因是，合成反应每步产率比较低，不到 95% 。而通常固相合成反应每步的产率在 99% 以上。因此，表面羟基化，探针的长度受到了限制。而且由于每步去保护不很，致使杂交信号比较模糊，信噪比降低。为此有人将光引导合成技术与半异体工业所用的光敏抗蚀技术相结合，以酸作为去保护剂，使每步产率增加到 98% 。原因是光敏抗蚀剂的解离对照度的依赖是非线性的，铁表面羟基化，当照度达到特定的阈值以上保护剂就会解离。所以，该方法同时也解决了由于蔽光膜透光孔间距离缩小而基因芯片引起的光衍射问题，有效地提高了聚合点阵的密度。另据报导 ，利用波长更短的物质波如电子射线去除保护可使点阵密度达到 1010/cm2 。
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