微阵列芯片应用流程
1）制备靶点
从生物标本中提取核苷酸并进行标记；
（2）杂交
让靶点与芯片上的cDNA或寡核苷酸序列进行孵育；
（3）获取数据
扫描与探针杂交的靶点表现出来的信号强度
（4）数据分析
从大量数据中得出具有生物学意义的结论
微阵列芯片技术通过测定能够与探针杂交的mRNA的数量，反映表达此mRNA的基因的转录情况，芯片的构建首先要根据研究的需要选择基因及相应的探针，其次是从标本中提取mRNA，并制备出靶点，硅表面氨基修饰，然后将靶点加入芯片，进行孵育杂交、冲洗掉没有杂交的样品以及扫描等操作，ITO玻璃表面氨基修饰，得到原始数据，表面氨基修饰，再将这些数据进行标准化和统计分析后得到结论，构造适当的微阵列芯片是开展后续研究的基础。
将芯片与待研究的cDNA或其他样品杂交，经过计算机扫描和数据处理，便可以观察到成千上万个基因在不同组织或同-组织不同发育时期或不同生理条件下的表达调控情况。荧光标记的cDNA与芯片上相匹配的DNA序列发生杂交反应，是的芯片上的点呈现出荧光信号，荧光信号的强度和基因表达的多度呈正相关。基因芯片这种微型化装置具有巨大的容量，是科学家在单次试验中就可以分析整个基因组的变化。
微阵列芯片的优势在于可同时扫描大量感兴趣的基因，但其研究的瓶颈也在于此。一次实验会产生大量的数据，硅片表面氨基修饰， 如何分析这些数据并得出在生物学上有意义的结论 ， 是微阵列芯片技术进一步发展完善的重要课题。在这方面需要借助于计算机技术和多种统计学方法 。在现在应用的多种数学模型之间还没有进行过大规模的对照研究 ， 因而对于它们的效能尚不能给予充分 、 的评估。
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