目前已有多种方法可以将寡核苷酸或短肽固定到固相支持物上。这些方法总体上有两种，即原位合成（ in situ synthesis ）与合成点样两种。支持物有多种如玻璃片、硅片、聚膜、纤维素膜、尼龙膜等，但需经特殊处理。作原位合成的支持物在聚合反应前要先使其表面衍生出羟基或氨基（视所要固定基因芯片的分子为核酸或寡肽而定）并与保护基建立共价连接；作点样用的支持物为使其表面带上正电荷以吸附带负电荷的探针分子，微阵列芯片，通常需包被以氨基硅烷或多聚赖氨酸等。
微阵列芯片的优势在于可同时扫描大量感兴趣的基因，但其研究的瓶颈也在于此。一次实验会产生大量的数据， 如何分析这些数据并得出在生物学上有意义的结论 ， 是微阵列芯片技术进一步发展完善的重要课题。在这方面需要借助于计算机技术和多种统计学方法 。在现在应用的多种数学模型之间还没有进行过大规模的对照研究 ，芯片微阵列原理， 因而对于它们的效能尚不能给予充分 、 的评估。
1.简易芯片
制作简易芯片时，微阵列芯片厂家，使用机械臂把大量已知或未知序列的DNA片段点在--张很小的玻璃片(通常为2cmX2cm)或尼龙膜上，再经过物理吸附作用达到固定化(cDNA 芯片)。也可以直接在玻璃板表面进行化学合成，从而得到寡聚核苷酸芯片。将芯片与待研究的eDNA或其他样品杂交，经过计算机扫描和数据处理，便可以观察到大规模的基因群在不同组织、同一组织不同发育时期或不同生理条件下的表达基因调控情况。简易芯片一般的基因数量少(一般不超过2000)，主要用于研究小部分特定基因的表达状态。简易芯片一般可以用于手工制作或者机械手点样。
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