基因芯片技术由于同时将大量探针固定于支持物上，所以可以一次性对样品大量序列进行检测和分析，从而解决了传统核酸印迹杂交（Southern Blotting 和 Northern Blotting 等）技术操作繁杂、自动化程度低、操作序列数量少、检测效率低等不足。而且，通过设计不同的探针阵列、使用特定的分析方法可使该技术具有多种不同的应用价值，如基因表达谱测定、实变检测、多态性分析、基因组文库作图及杂交测序等。
因此，表面羟基化方法，一般的建议步骤是活化羧基使用pH=5-6的MES缓冲液，之后使用PBS缓冲液调节pH=7.2-7.5完成后的偶联反应。
与EDC/NHS类似的是，也可以使用将两个含有氨基的分子连接到一起。比如，先在纳米粒子外包一层二氧化硅，表面羟基化，通过APTES等试剂引入氨基，之后通过将氨基修饰的纳米晶和蛋白质的氨基偶联到一起。
cDNA基因百度文库由PCR物质构成，为发夹结构构造，长短一般在百余至千余碱基对，因此芯片的混种杂交标准对每一个基因无法保证是好的，假阳性率比较高，因而，判断cDNA微阵列的后的结果时，材料表面羟基化，必须对挑选出的基因开展测序。在应用cDNA微阵列开展研究时，一般需要提供一个对比样版，把与必须研究的样本给与不同类型的标识，将二者灯亮混匀一同引入芯片开展孵育。扫描仪后所得到的原始记录是每个表格中中网络信号的比例。 
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