1. 数据可靠分析
因为用基因芯片进行杂交分析，每次实验结果都会有些变化，因为包括靶DNA浓度、探针浓度、杂交双方的序列组成、盐浓度以及温度等许多因素影响了杂合双链的形成和稳定性。因此，表面羧基化反应时间，需要进行重复试验以确保数据的准确。主要的方法是通过两次平行杂交反应，表面羧基化粒子，将每个基因在两个反应中的表达水平做成对应散点图，只要绝大多数基因的杂交结果都在45度斜线附近，就说明实验结果是可的。
该方法的主要优点是可以用很少的步骤合成极其大量的探针阵列。例如，合成 48 （ 65536 ） 个探针的 8 聚体寡核苷酸序列仅需 4 × 8=32 步操作，台湾表面羧基化， 8 小时就可以完成。而如果用传统方法合成然后点样，那么工作量的巨大将是不可思议的。同时，用该方法合成的探针阵列密度可高达到 106/cm2 。不过，尽管该方法看来比较简单，实际上并非如此。
微阵列芯片的优势在于可同时扫描大量感兴趣的基因，但其研究的瓶颈也在于此。一次实验会产生大量的数据，钛表面羧基化， 如何分析这些数据并得出在生物学上有意义的结论 ， 是微阵列芯片技术进一步发展完善的重要课题。在这方面需要借助于计算机技术和多种统计学方法 。在现在应用的多种数学模型之间还没有进行过大规模的对照研究 ， 因而对于它们的效能尚不能给予充分 、 的评估。
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