目前已有多种方法可以将寡核苷酸或短肽固定到固相支持物上。这些方法总体上有两种，什么是表面醛基修饰，即原位合成（ in situ synthesis ）与合成点样两种。支持物有多种如玻璃片、硅片、聚膜、纤维素膜、尼龙膜等，但需经特殊处理。作原位合成的支持物在聚合反应前要先使其表面衍生出羟基或氨基（视所要固定基因芯片的分子为核酸或寡肽而定）并与保护基建立共价连接；作点样用的支持物为使其表面带上正电荷以吸附带负电荷的探针分子，通常需包被以氨基硅烷或多聚赖氨酸等。
感受完这种粗糙度之后，2010年就有人把疏水蛋白引入到检测中，改善这种基质表面抗体堆积不均匀的情况。疏水蛋白能够自组装形成10nm厚的两亲性膜，疏水性一侧贴在疏水性的聚板上，亲水性的一侧伸向溶液中，江西表面醛基修饰，可以物理吸附抗体，用于组装一抗。石英晶体微天平结果显示在pH=5时，聚板上形成一层致密的膜；X射线光电子能谱和水接触角测试显示疏水蛋白修饰后，疏水的聚板能够保持长达3个月的亲水性；原子力显微镜结果显示，表面醛基修饰处理，连接到疏水蛋白上的抗体也终于站起来了，是一种“end-on”的取向排列。
因此，生物学家和生物信息学家合作创立了将差异表达基因定位于不同的生物化学代谢途径的分析方法( pathway identification)。 统计每条生物化学代谢途径中固有的基因数量和被基因芯片定位的差异表达的基因数量，可以计算出特定或特定发育阶段表达有显著差异的代谢途径。由于代谢途径通常负责执行生物体的重要功能，并且相对于原始数据，代谢途径的数量相对较少，可操作性强，已经成为目前学术界分析芯片技术数据的重要手段。
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